由于预制化粪池在规划、建设、使用和管理等方面存在诸多问题，95%以上的化粪池在运行1-2年后开始严重渗漏。由于人们不重视，预制化粪池的渗漏严重污染了地下饮用水源和城市地下供水管道，更严重的是，建筑物出现了不同程度的倾斜。另外，由于技术含量不足，传统砖混化粪池处理水质较差，污水排放严重超标，大大增加了污水处理厂的运行负荷。在少数没有市政管网的地区，传统化粪池处理后的污水直接排入江河湖泊，对周边江河湖泊水环境造成严重破坏。传统化粪池由于其技术含量低、降解功能差、清洗周期短，如果平时防护不到位，会存在沼气中毒、爆破等不安全风险。

新鲜的粪便从入口进入上池，池中的粪便开始发酵和分化。由于比重不同，粪液自然可分为三层：上层为糊状粪皮，底层为块状或颗粒状粪渣，中层为经对比澄清的粪液。在上层和底层，细菌和寄生虫卵最多的是上层和底层，中层至少含有昆虫卵。开始发酵的中间层液体通过粪管溢流到第二池，而大部分未充分发酵的粪皮和残渣则留在上池继续发酵。流入第二池的粪液进一步发酵分化，卵继续下沉，病原菌逐渐死亡，粪液进一步无害，粪皮和粪厚较第一池明显减少。流入第三个池子的粪便通常是腐烂的，在此期间细菌和寄生虫的卵已经被完全消灭。第三个池子主要用来储存粪便，基本无害。